Yayasan didirikan pada tanggal 17 Desember 2016 Masehi atau 17 Rabiul Awal 1438 Masehi, seperti tercatat dalam Akta Pendirian Yayasan Masjid Al-Amin Bumi Mutiara Nomor 8 Tanggal 17 Desember 2016 dengan Notaris Drs. Dady Suchrady, SH. Hal ini sesuai Keputusan Menteri Hukum dan Hak Asasi Manusia Nomor AHU-0047283.AH.01.04 Tahun 2016.
Maksud pendirian yayasan yaitu menyediakan wahana legal bagi pelayanan masyarakat di bidang keagamaan, sosial, dan kemanusiaan, sedangkan Tujuan pendirian yayasan yaitu terbentuknya masyarakat yang bertaqwa, beriman, berilmu, dan sejahtera yang diridhoi Allah Subhanahu Wata'ala. Selanjutnya Yayasan berkembang dan terdiri dari Unit Pelaksana Kegiatan terdiri dari :
- a. Dewan Kemakmuran Masjid (DKM)
- b. Taman Kanak-Kanak/Pendidikan Al-Qur'an (TKA-TPA)
- c. Unit Pengelola Zakat Infak dan Shodaqoh (UPZIS).

STRUKTUR ORGANISASI YAYASAN MASJID AL-AMIN
PEMBINA YAYASAN
- Ketua: Shofiyah
- Anggota: Tarmuji
- Anggota: Mukhlis Hasbi
- Anggota: Aan Suryana
- Anggota: Sardi
PENGURUS YAYASAN
- Ketua: Aris Ahmad Risadi
- Sekretaris: Adli Sofyan
- Bendahara: Khoirul Anwar
PENGAWAS YAYASAN
- Ketua: Slamet Riyadi
- Anggota: Muchyidin
- Anggota: Agustani
UNIT PELAKSANA KEGIATAN YAYASAN
DEWAN KEMAKMURAN MASJID (DKM)
- Ketua: Dedy Lilianto
- Sekretaris: Rohadyan Hanantyo Seno
- Bendahara: Agus Winarto
UNIT PENGELOLA TKA-TPA
- Ketua: Shofiyah
- Sekretaris: Tituk Hartati
- Bendahara: Eva Sa’adah
UNIT PENGELOLA ZAKAT INFAK DAN SHODAQOH (UPZIS)
- Ketua: Tarmuji
- Sekretaris: Efizal
- Bendahara: Syahwan Asmar